A fagyasztó embriók elhalasztják felhasználásukat a jövőben. Lehetséges az embrió fagyasztása a zigóta stádiumban az 1. napon, a tenyésztés 3. napján vagy a blastocysta stádiumban az 5-6. Minél később fagyasztjuk le az embriókat, annál kevesebb van, másrészt jobb minőségű embriókat választhatunk fagyasztásra.

Az embrió fagyasztását 2 esetben alkalmazzák:
- ha az átadás napján több embriónk van, és meg akarjuk menteni őket a jövőre nézve
- ha nem tudjuk elvégezni a friss embrió átadását, például egy tervezett egyéb kezeléshez vagy hiperstimulációs szindróma esetén
Természetesen a párnak bele kell egyeznie az embriók befagyasztásába.
Az embriókat kétféleképpen fagyasztják le:
- gyalu - lassú, fokozatos fagyasztáshoz szükséges eszköz
- üvegesítés - súlyos fagyás
Fagyasztás után az embriókat kriokonténerekben tárolják. Megfagyva jég és jégkristályok képződnek a vízből, amelyek károsíthatják a sejtek membránjait. Ezért tartósítószereket, úgynevezett krioprotektánsokat használnak, amelyek megakadályozzák a jégkristályok képződését.
Az embriókat bármilyen hosszú ideig lefagyaszthatjuk, a fagyasztástól számított 5 éven belül megpróbáljuk felhasználni. Nem minden embrió öröklődik felolvasztás után, és tovább növekszik. Az embriók körülbelül 80% -a tovább növekszik, életképesek és átkerülhetnek a méhbe.
A fagyasztott embrió átvitele hasonló a friss embrió átadásához. A krioembriotranszfer után valamivel alacsonyabb az esély a teherbeesésre, mint a friss transzferrel, és a terhesség alatt nagyobb a korai vetélés kockázata. Egyébként a terhesség hasonlóan zajlik, mint a friss embriótranszfer. A fagyasztott embriótranszfert általában azok a párok használják, akiknek már van babájuk friss embriótranszfer után, és második terhességet terveznek. Ez a módszer olyan párok számára is alkalmas, akik az első transzfer során nem lettek terhesek és fagyasztott embriókkal rendelkeznek. Az embriók befagyasztását az egészségbiztosító nem téríti meg, és a házaspár teljes mértékben fizeti a kezelést.